於「九校战」「幕後」发生的「寄生人偶」事件中，幕後黑手之一的周公瑾离开横滨，遁走京都，在以此为中心的古式魔法师集团「传统派」处潜伏了起来，销声匿迹。 之後过了两个月—— 又到了「全国高中生魔法学论文竞赛」的时节。一高的学生们为了准备举办於新京都国际会场的日本魔法协会主办「论文竞赛」而忙碌。就在此时，携带四叶真夜书信的黑羽姐弟造访了达也。信的内容是关於「希望协助抓捕周公瑾」的请求。 尽管抱着为何不是平时的「命令」而是「委托」的疑问，但达也和深雪还是前往了处在「传统派」对抗势力中心的九岛家。在那里，两人和「被制造出来的天才魔法师」实现了命运的相遇…… 以古都为舞台的谋略与暗斗。面对魔法师开发历史阴暗面蔓延至今的恩怨，达也、深雪及其夥伴们将发起挑战。
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