国中二年级学生天野雪辉习惯远离所有人，以一个旁观者的角度把亲眼所见的事当作日记记录在自己的手机中。一天，时空之神Deus把未来日记植入他的手机，日记中记录的是他未来90天发生的事，包括考试内容、遇到的危险等。这个「日记」代表着持有者的未来，一旦被破坏，持有者将会同日记一同消失。Deus选定了十二位未来日记的持有者、他们之间将会进行一场生死游戏，而最後生存的人将会成为Deus的继承者，掌握支配时空的「神之座」。究竟十二位日记持有者为何要参加这场冒险？为了成神？为了守护？还是为了······天野雪辉的下场又将会如何？生存大战一触即发！
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