这次游戏的男主角不再是系列前几作的主人公索拉，而是在《王国之心2》中登场，与索拉有着密切关系的罗克萨斯。本作的故事发生在初代《王国之心》(KH1)和《王国之心2》(KH2)之间，在时间跨度上来说包含了掌机上的前作《王国之心 记忆之链》(KHCoM)的时间范围，可以看作是同时发生的另一个地方的故事。<br> 罗克萨斯诞生於KH1的後期，诞生之後的他被13机关的首领——机关1号杰姆那斯给予了新的名字并带进机关，交由机关8号阿克塞尔带领。进入机关之後的洛克萨斯跟随前辈们完成了很多任务，在阿克塞尔的培养下，他逐渐成长了起来，也变得越来越有机关成员的风范了。<br> 有一天，又一名新成员加入了，在以往的作品中都未曾提及的，机关第14号·希恩……
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